秘密組織で働くエージェントのマクガイバー (通称マック)。科学の知識と機転を利かせてあらゆるミッションを遂行していく彼は、元CIAで元軍人でもある相棒のジャック、そして分析官で恋人のニッキとともに、上司のソーントンの指示のもと、ある金庫室への潜入を試みていた。

秘密組織、フェニックス財団の一員として再出発したマクガイバー、ジャック、ソーントン、ライリー。任務を終え無事にロスへ戻ったマクガイバーだったが、ソーントンは彼の精神状態を心配する。そんな中、新たな任務が与えられる。それはベネズエラでスパイ容疑をかけられ拘束された米国人女性記者の救出だった。

フェニックス財団に集まったジャック、マクガイバー、ライリーたちは、D77と呼ばれるテロ集団の襲撃を止めるべく、資金運用係であるラルフ･カストラティを取り押さえるよう命じられる。ラルフは証券詐欺事件で裁判を起こされ、現在はマレーシアのラブアン島で潜伏生活を送っていた。

マクガイバーらが作戦司令室へ行くと、画面に女性捜査官が映っていた。彼女はバニスター捜査官で、ソーントンに引き抜かれ冷戦の再開をもくろむロシア人の元特殊部隊大佐シフチェンコを追う任務についていた。彼女はシフチェンコを見つけたうえに彼が所有する武器庫まで探り当てており…。

マクガイバーたちの元にソーントンから緊急の指令が入る。今回の任務は、カタリナ･ワーグナーという女性の護衛。彼女はドイツで航空宇宙事業を経営するエリック･ウェクスラーの秘書を務めており、ウェクスラーに対する重要な証拠を握っているという。実はウェクスラーがアメリカの敵に対して武器を売っていたのだ。

ライリーが本部でソーントンから訓練を受けていると、ある知らせが入る。ニューヨークで爆弾騒ぎがあり、爆発物を確認したFBI捜査官チャーリー･ロビンソンがマクガイバーの助けを求めているというのだ。マクガイバーはすぐさま現地へ飛び、爆発物処理班時代の仲間チャーリーと再会。さっそく爆発物を解体するが…。