シーズン2、エピソード1: マクガイバーとジャックはキューバで拷問に遭っていた。2人はマクガイバーの父親を捜す旅に出たものの、その姿はどこにもなく父親が大事にしていた時計だけが見つかる。そんな時、プロの殺し屋マードックが刑務所から脱出したと知らされ、情報を追ってキューバ入りしたのだ。