あらゆる金属を食い尽くす化学物質"ナノマイト"が邪悪なテロ組織"コブラ"に強奪された。その輸送任務に就いていた兵士のデュークとリップコードは、最強の国際機密部隊"G.I.ジョー"に入隊して、コブラとの対決に臨む。しかし、コブラはナノマイトを搭載したミサイルでエッフェル塔を破壊。阻止しようとしたデュークは敵に捕まってしまう…。