むかしむかし、緑色の小さな機関車がソドー島にやって来る。彼の名前はトーマス。トップハム･ハット卿が新しい機関車を迎えるというウワサを聞いていたエドワードたちは、トーマスが思いのほか小さいことに驚きを隠せない。エドワードがトーマスに仕事のやり方を教えることになり、ソドー島でのトーマスの新生活が始まる。