ソドー島にレスキューセンターをつくることになり、トーマスたちは大忙しです。ところが、手柄をひとりじめしようとしたディーゼルがたいせつなじょびの木を海に落としてしまい、ディーゼルも橋から落ちそうになりましたがトーマスが助けました。トーマスはそのごほうびとしてメインランドのレスキューセンターにいくことになりましたが、たどり着いたのは深い霧に包まれた謎の島、ミスティアイランドだった。トーマスは無事にソドー島に帰ることができるのでしょうか。