トーマスはブルーマウンテンの採石場に手伝いに来た時、見たことのない緑の小さな機関車を目撃した。その機関車はすぐ隠れてしまい、他の高山機関車の仲間に聞いても、誰も知らないというばかり。やっと聞いたその機関車の名前はルーク、昔悪いことをしてこの山に逃げてきたということだった。それが信じられないトーマスは、本当の事を知るための冒険をはじめます。そしてトーマスはある事実を知ることに…。