偉大な発明家になることを夢見ていたフリント・ロックウッドは、水を食べ物に変えることができるを発明し、一躍有名になった。しかし、ミートボールやチーズバーガーが巨大化し町を巻き込む大惨事となり、フリントと仲間達はスワロー・フォールズの島を一旦離れる羽目になった。謎の生物“フード・アニマル”たちに島が占拠されてしまっているとわかり、世界を救う為に再び島に戻ることになる。フリントは自分の偉大な、けれど迷惑な発明品のために、おいしくて危険な戦いに再び挑むことに・・・・。