アメリカ中西部の街シルバートン。この日、ゲイリーが教頭を務める高校では卒業式が行われようとしていた。一方、竜巻の撮影に執念を燃やすストーム･チェイサー･チームのメンバーで気象学者のアリソンは、シルバートンの気象状況にかつてない巨大竜巻の可能性を見出す。さっそく一行は、特別仕様の装甲車“タイタス”に乗り現地へと向かう。そんな中、ついに想像を絶する巨大竜巻が発生し、シルバートンの街を襲う。卒業式を中断し、避難する生徒や父兄の誘導に追われるゲイリー。やがてその中にいるはずの息子ドニーの姿がないことに気づく…。