アメリカのある研究所では、今まさに世紀の大実験が始まろうとしていた。元パイロットのタックは実験用のポッドに入り、ミクロサイズに縮小された。そしてそのままウサギの体内に注射されるはずが、そのときマイクロチップを狙うスパイ団が乱入！追い詰められた所長は手にあった注射器を通りすがりの男、ジャックに発射した！人間が人間の体内（インナースペース）に入り込んでしまったために巻き起こる奇想天外、前代未聞のSFアドベンチャー。