《テンプル》と呼ばれる、人間の思考パターンを解析するハイテク人工知能。そのシステムによる最新鋭尋問装置を設置した極秘施設、《サイト9》との通信が途絶えた。アイザックを隊長とする特殊部隊チームが調査に向かうが、発見したのは全員が無残に殺された兵士たちの死体だった。さらに、システムが制御不能となり、部隊はロックアウトされた要塞内に閉じ込められてしまう。テンプルの設計者であるガブリエルは原因を探るが、その間にも正体不明の敵の襲撃は続き、隊員たちは次々と殺されてゆく。ガブリエルは、“進化”したテンプルが意志を持ち、暴走していることを突き止める。その目的は? そして彼らは、この監獄と化した要塞から脱出できるのか?