かつてのヒーローたちが標的になっているようだ。コメディアンは殺害され、Dr.マンハッタンは火星に追放され、オジマンディアスは暗殺未遂に遭い、非合法自警団員のロールシャッハは逮捕された。 一連の事件に疑いを持ったナイトオウルとシルクスペクターは、調査のために引退生活から戻る。彼らは個人の倫理観、内なる悪魔、そして自分たちに牙をむく社会と格闘しながら、地球規模の核戦争の引き金となるかもしれない深い陰謀を暴くため、時間との戦いに挑む。