地獄のえんま大王が現れて、地獄に落とされていた凶悪な西洋妖怪たちが、突如町に現れたことを告げた! 西洋妖怪らは、この世とあの世も過去と未来も自由に行き来できる“まぼろしの汽車”を地獄から奪って暗黒世界を目指していた。えんま大王の命を受け、全妖怪支配を企む西洋妖怪らを阻止するために暴走する汽車を追う鬼太郎。追いついた鬼太郎たちに魔女や狼男、怪力･フランケンが襲いかかる。そして汽車を止めるべく先頭車両を目指す鬼太郎の前に立ちはだかった西洋妖怪のリーダー･吸血鬼の凄まじい攻撃により鬼太郎は妖怪石炭にされてしまった! 妖怪石炭と化した鬼太郎の妖力を吸収して暗黒世界へとひた走る“まぼろしの汽車”…。鬼太郎を救い、西洋妖怪を倒すために、目玉親父が取った最後の手段とは!?