入道沼開発中の作業員たちが一人残らず消えてしまった。住み家を工事で荒らされた見上げ入道が怒ったのだ。見上げ入道は、事件を目撃した小学生の村上祐子までさらってしまった。祐子の同級生は妖怪ポストで鬼太郎に助けを求める。ふたたび開発工事を再開した工事現場に妖気を感じた鬼太郎は、見上げ入道と対決する。しかし、巨大化した見上げ入道は、鬼太郎さえもかんたんに吸い込んでしまった。

留守番中の姉弟の寝室に目玉の大群が現れた。家に取り憑いた妖怪･目目連だ。駆けつけた鬼太郎も襲われるが、姉弟と協力して燻し攻撃で撃退。目目連が人里に現れた理由は、姉弟の父親が目目連の住み処だった木連の里に踏み込み、別荘を建てたことだった。街中に出た目目連は、都会の汚い空気に正気をなくして更に暴れ回る。そしてトラックに乗り移ると、小学校を目指して暴走を始めた!

ねずみ男が病院に担ぎ込まれた。治療の甲斐なく、魂を抜かれてしまったねずみ男は死んでしまう。その頃、同様に魂を抜かれた子どもたちが、続々と病院に担ぎ込まれていた。事件の原因が夜叉だと知った鬼太郎は、魂を抜かれた子どもたちが倒れていた公園に向かう。妖気をたどり、ねずみ男の魂が地下から飛び出すのを目撃。地下鉄の構内に夜叉を追い詰めるものの、ギターの音色によって眠らされてしまう。

ワンマン社長が牛鬼岩で釣りをして、恐ろしい牛鬼を目覚めさせてしまった。鬼太郎が何とか退治するが、牛鬼はその鬼太郎に取り憑いて、鬼太郎自身を無敵の強さを持つ牛鬼に変えて復活してしまう。島民を避難させる時間稼ぎのため、牛鬼の前に立ちはだかる目玉おやじ。反撃する術もないおやじに鋭い爪が迫る…まさに間一髪の瞬間、牛鬼の中に鬼太郎の心が甦り、彼の祈りに応えるかのように伝説の守護神･迦楼羅様が姿を現す。