日本の妖怪界を支配下におこうと企む南方妖怪チンポは、船で日本に乗り込んできた。それを迎えたのは、あわよくば人間どもを家来にと考える日本妖怪の首領・ぬらりひょん。ぬらりひょんは、幽霊族の生き残りで、人間たちと仲良くしようとする鬼太郎を憎んでいた。チンポは、日本妖怪征服の手始めとして、鬼太郎抹殺を指令する。その二人に唆されて、ねずみ男は、人間であるユメコを誘拐して鬼太郎を植物園に誘き寄せる。そこには、南方妖怪のアカマタとやし落としが待ち構えていた。やし落としは、頭を大きく振ると、頭の上のやしの木が大きく揺れ、凄い風が起こる。弾丸の如くやしの実を鬼太郎目掛けて飛ばしてくる。また、アカマタは口から粘液を火のように吐き出すのだった。危機一髪のところで、仲間である一反もめん、子泣き爺、砂かけ婆によって救われる鬼太郎。これはネコ娘の機転によるものだった。また、つるべ火は、ねずみ男の体の中に入り込んだアカタマに、妖気を吸い取られてしまった鬼太郎の危機を助けるのだった。ぬりかべは、ジョーズのように襲いかかる蛟竜から鬼太郎を守る。みんなの協力のもと、ユメコが監禁されているチンポの船を撃破することに成功する鬼太郎たち。ぬらりひょんのモーターボートで逃げるチンポたちは、仲間割れのため、岩礁に激突してしまう。投げ出されたぬらりひょんは絶命。だが、チンポは露出した3つのチンポから勢いよく燃料噴射しながら、なんとか逃げ去ってゆくのであった。