仮面ライダーゴーストこと天空寺タケルとともに戦い、熱い生きざまを見せた男・深海マコト。無二の友・アランの理想を現実のものとするべく、愛する妹・カノンとともに眼魔世界へと旅立った。しかし、そんな彼を、苦悩のどん底に突き落とす事態が発生する。大いなる“罪を背負ったマコトを待つ、過酷な運命とは――。「眼魔世界に青い空を！ 」――マコトやカノン、さらにはアカリや御成たちの力を借りながらも、アランの計画は目標通りに進展しなかった。市民からの不満の声は、高まる一方。一同に、焦りの色が見え始めていた。そんなとき突然、眼魔世界創世メンバーのひとりだったダントンが現れる。彼はかつて、完璧な人間を生み出すという思想にとりつかれ、アランの父・アドニスと決裂した人物だった。しかし、ダントンが掲げる理想は、希望を失いつつある眼魔世界の市民たちに響いた。やがてマコトもダントンに傾倒していき、ついにはアランと袂を分かつことになる。まるで、かつてのダントンとアドニスのように――。そしてマコトがついに知る、自分とカノンの出生にまつわる真実。マコトを「お兄ちゃん」と呼ぶ少女・クロエは、いったい何者か?自らの“罪にマコトが向き合ったとき、シン・スペクターがここに誕生する。今、彼が倒すべき“最後の敵とは……！？