太陽系滅亡から千年―。地下から現れた少年に、人類の希望が託された。対話不能の外宇宙生命体・奇居子（ガウナ）に太陽系を破壊されて千年。脱出した人類の一部は、巨大な宇宙船シドニアで、繁殖しながら宇宙を旅していた。生まれてから地下でひっそりと暮らしていた少年・谷風長道（たにかぜながて）は衛人（モリト）と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史的名機・継衛（ツグモリ）の操縦士となる。長道が初めて異性を意識した少女、星白閑（ほしじろしずか）。初めて友達となった男でも女でもない人間、科戸瀬（しなとせ）イザナ。長道の能力に嫉妬を覚える岐神海苔夫（くなとのりお）。寮を取り仕切るクマ型の寮母、ヒ山ララァ。宇宙船シドニアにおける“日常”の生活－恋、喧嘩、仲間との会話は明日も続くはずだった。再び奇居子（ガウナ）が現れるまでは…。100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか？人類の存亡をかけた戦いが今、始まる―。