「密かに流行ってる『死に顔サイト』らしいぜ」「コレ登録するとさ、友達が死ぬ時の光景が、見れるんだよ！」。何気ない日常の何気ないやり取りをしていたヒビキとダイチに突如訪れた地下鉄事故。そこに偶然居合わせたイオと共に目の当たりにした惨状と人を食べている得体の知れない生き物…。必死の思いで地上に逃げた3人だが今度は上空から降下してきた物体が無差別に人を襲っていく。そんな時、ヒビキのケータイが反応し出現した魔法陣から現れたのは…。

「昨日までは普通だったのに！」「何でこんな事になっちまったんだよ!?」。日本政府直属の機密機関、指定地磁気調査部ジプス東京支局局長のヤマトから知らされた現状と真実に困惑するヒビキに協力を促すヤマト。ヤマトが選択を委ねる中、意思の固まらないヒビキだったが、悪魔に襲われそうな人を助けるために戦っていく中でヒビキは自分の意思を固めていく。ダイチの悲痛な叫びに果たしてヒビキの選び出した選択肢とは…。

「死に顔動画は回避できる……」「俺が……みんなを守らないと……俺が……勝たないと……」科学者の菅野史博士がセプテントリオンの出現と同時に消息を絶ったため、その捜索で大阪へ向かうヒビキ、ダイチ、イオ。大阪のサマナーであるヒナコ、ケイタと合流し早速捜索を開始するが、単独行動をしているケイタの『死に顔動画』がヒナコの携帯に届く。ケイタの死を回避すべくサマナーが召集されるが果たしてその結末は…。

「泣いて、喚いて、それで解決するならそうしている…」「何もしない人もいる中で、なぜ君はそう選択するんだろう？」。 突如出現した第2のセプテントリオン『メラク』の討伐指示に駆り出さられるヒビキたち。奮闘も空しく『メラク』の猛攻は止まらず多くの死者が出る現状に命令を無視して討伐に向かうヒビキ。そんなヒビキの前にヤマトの古い友達と言う謎の男が話しかけてくる。自分の信念を貫こうとするヒビキの選択が生んだものは…。

「ヒビキが、死ぬ…？」 第2のセプテントリオン『メラク』討伐後、姿を消したヒビキを追って名古屋に向かうダイチとイオ。 名古屋に到着するとジプスの名古屋支局を占領したという暴徒達に加え、悪魔と戦うヒビキの姿を発見する。 一方、名古屋のサマナー、アイリとジュンゴは奪われた名古屋支局の奪還を計り暴徒のリーダー栗木ロナウドへの接触を試みる。 そこでロナウドから告げられたヤマトの本当の思惑とは…。

「大きな力は、人を巻き込む…。俺と一緒にいる事が何より危険なんだ」 名古屋に辿り着いたダイチとイオは、もう誰も犠牲を出したくないと葛藤するヒビキと再び再開する。しかしそんな再会もつかの間、第3のセプテントリオンは名古屋に出現することに！ 暴徒やジプスと共闘するも、圧倒的な力を誇るセプテントリオンの前に次第に追い詰められていくヒビキたち。果たしてヒビキの死に顔動画は回避できるのか…。