丹童子アルマ、17歳。ある過去の出来事から、彼は極力他人と距離をとって生活していた。そんな彼に「鉱石部」の部長、伊藤若菜だけは屈託なく接し、再三鉱石部へ勧誘していた。その日も若菜から美術館へ誘われるが、アルマはにべもなく断る。そんな折、アルマの自宅に藍羽財団のCEOを名乗る藍羽ルリが現れる。彼女は「悪石（アシ）」と呼ばれる怪物と戦い続けており、アルマが持つ「セイクリッドセブン」の力こそ、唯一悪石に対抗できる力だと告げる…。

深夜の高速道路を疾走する藍羽財団のトレーラーと一台のSUV。車中には「セイクリッド」の力の悪用を防ぐため、能力者を保護している研究機関の所長、研美悠士。その前に悪石化した謎の男が立ちはだかる。護衛として同行していた鏡の戦闘メカが飛び出すが、歯が立たない。異変に気づいたアルマは現場に向かうが、悪石人間を前にすると全身から瘴気が立ち上り、悪石化の兆候が現れてしまう。そこに新型パワードスーツを身に纏った研美が駆けつけ、謎の悪石人間を追い払うのだが…。

明日は学園祭。生徒たちは明日の準備に向けて大わらわ。鉱石部に入部したアルマも準備に余念が無い。楽しそうな若菜の笑顔に、戦い続きのアルマも小さな安らぎを覚えるのだった。そんな折、学園に悪石蛇が迷い込む事件が発生。「お嬢様にバレたら、学園祭は中止になる！」。鏡の脳裏に、初めての学園祭を楽しみにしていたルリの笑顔が浮かぶ。事情を知ったアルマもまた、若菜が楽しみにしている学園祭が潰されてはと、心密かに思う。しかし、悪石蛇を倒すには、ルリの力を借りて変身しなければならない。ルリに気づかれないうちに、悪石蛇を排除しなければ、明日の学園祭が中止になってしまうのだが…。

合宿で海にやってきた鉱石部一同。その海の近くには石の神様をたたえるために作ったとされるピラミッド伝説があり、石好きの若菜のテンションは最高潮。しかしアルマはそのピラミッドの中から、悪石の気配を感じ取ってしまう。悪石の様子を探るため、アルマにルリを託し、一人メカでピラミッドに潜入する鏡。しかしその時大きな揺れが発生、アルマとルリは大地に走った亀裂からピラミッドの中に飲み込まれてしまう。

富士の樹海の中を獣のように疾駆する悪石の姿があった。それは悪石の力を暴走させた人間の成れの果ての姿。その影を追う、研見のパワードスーツ。研美は研究所から逃げ出した「0号」と呼ばれる悪石人間を追いかけていたのだ。闇の中、激突しあう両者。強大な力を誇るアーティジェムスーツだったが、0号の力はそれを凌駕し、研美はこの戦いで怪我を負ってしまう。まんまと夜の闇の中に逃げていく0号。一方、血清の奪取に失敗したナイトは、フェイの血から作る血清でなんとか完全なる悪石化を免れてきたが、フェイの体もすでにボロボロだった。ナイトとフェイは新たな血清を造り出すために、セイクリッドの力を持つルリの拉致計画を企てる。