近未来日本首都、ネオサイタマ。超高層ネオン街の中、ひときわ高くそびえ立つマルノウチ・スゴイタカイビル。邪悪なニンジャ組織「ソウカイ・シンジケート」の抗争に巻き込まれ瀕死の重傷を逐ったフジキド・ケンジのもとに、事件の目撃者を始末すべく、血に餓えたニンジャたちが迫る。だがその時、邪悪なニンジャソウルが突如憑依し、フジキドを死の淵より呼び戻した！ 「ドーモ、ニンジャスレイヤーです……！」 スシ！ カラテ！ ニンジャ！ 情け容赦ない死闘！ ニンジャスレイヤーの復讐の戦いがいま幕を開ける……！

殺された妻子の復讐のため、ソウカイヤのニンジャを殺し続けるニンジャスレイヤー。次なる敵・アーソンを追うことに。しかし、上空からはオムラ社が差し向けた武装マグロ・ツェッペリンが迫り、猛攻を仕掛けてくる。

キョート共和国から転校してきた女子高生、ヤモト・コキには、アーチ級ニンジャソウル「シ・ニンジャ」の力が宿っていた。そんな力を得た背景には、アフロヘアーの男子転校生、ショーゴー・マグチの存在があった。

プロの墨絵師になるという夢を抱いていたシガキ・サイゼン。だがある日、勤め先のトーフ工場のトーフプレス機で右腕を失ってから人生が真っ暗に。そんなある日、ひょんなことから彼はトーフ社の工場襲撃に参加する。

ソウカイ・シンジケートは、目障りなドラゴン・ドージョーの本拠地を発見し、壊滅すべくヒュージシュリケンとアースクエイクが出撃。ドージョーにはかつてニンジャスレイヤーを破滅から救った男とその孫娘がいる。