とある田舎町で夏休みを過ごす少年・土御門春虎。彼は陰陽師の名門・土御門の分家の人間で、ちょっと運が悪いという以外は平凡な高校生。夏期補習からの帰り道、彼と親友の阿刀冬児、中学時代に出会った少女・北斗は他愛のない会話を交わしていた。そんな中、北斗はなぜか春虎に「陰陽師を目指せ」と迫ってくる。才能のない春虎は陰陽師になる気はなかった。しかしその翌日、夏祭りで起こった事件が春虎の運命を動かすことになる。

夏祭り会場に現れた『十二神将』の一人、『神童』大連寺鈴鹿。彼女はとある禁呪を執り行なおうとし、陰陽庁から追われる身になっていた。鈴鹿の式神に捕らえられた春虎は、彼女にいきなりキスをされる。それを目撃してしまった北斗はショックで泣きじゃくり、走り去ってしまった。翌日、気まずい思いを引きずる春虎だったが、土御門家の次代当主の少女・夏目に呼び出され、鈴鹿が土御門家の持つ祭壇を狙っていることを知らされる。

契約を交わし、夏目の式神となった春虎。二人は『泰山府君祭』を行うため土御門家の裏山に向かった鈴鹿を追い、夏目の式神の白馬・雪風にまたがって空を駆ける！対する鈴鹿は装甲鬼兵・土蜘蛛を用いて結界を張って足止めをし、もう一体の式神・阿修羅を繰って斬りかかる。挟み撃ちで絶体絶命の夏目は、式神の竜・北斗を召喚する。その力を借りて、春虎は辛くも鈴鹿の式神を打ち倒す。しかし目前で、祭祀は成されてしまい・・・・・・。

陰陽塾に通うこととなり、寮での生活が始まった春虎と冬児。担任の大友に案内された教室で挨拶をするが、半年遅れで編入してきた彼らを倉橋家の令嬢・京子は疑問に思い、異議を唱えた。それを仲裁してくれた夏目だったが、あまりに勉強ができない春虎に激怒し、特訓を言い渡す。夏目からの宿題にげんなりしていた春虎は、父親から渡された式符のことを思い出した。その式符から現れたのは春虎の護法となる式神、コンだった。

京子と式神勝負をすることになった春虎。勝負にはあっさりと負けてしまうのだが、勇気を讃えられ、京子とも和解できた。だが夏目は孤独感から、春虎にキツくあたってしまう。そのとき、突然現れた呪詛式・蟲毒が夏目を襲う！土御門夜光の生まれ変わりとされる夏目は、夜光を崇拝する信者に以前から狙われていたのだ。さらわれた夏目を救うため、春虎たちは夜光の式神・飛車丸を名乗る男と、角行鬼と呼ばれた隻腕の鬼と対峙する！

突然入寮してきた春虎と冬児、夏目の三人は、密かに寮母の間で噂になっていた。そんな状況を恐れつつも、春虎と夏目は日曜日に二人で渋谷に出かけることに。しかし無計画な二人は街をさまよい、ラブホテル街に迷い込んでしまう。さらに雨まで降ってきたところで二人は寮母に後を付けられていたことに気づき、隠れるためにラブホテルに入りドギマギする春虎と夏目だったが、現れたコンから『敵』の接近を告げられて・・・・・・。