空の上にある“スカイ・ハイ”―ここは、未来のスーパーヒーロー育成のための特別な高校。超人的スーパーパワーの素質に恵まれたティーンたちだけがその門をくぐることが出来る。今年最も注目を集める新入生は、スーパーヒーロー界の伝説的存在であるザ・コマンダー（カート・ラッセル）とジェットストリーム（ケリー・プレストン）のひとり息子、ウィル（マイケル・アンガラノ）。だが、ひとつだけ問題があった…ウィルにはまだスーパーパワーが現れる兆しがないのだ！生徒たちはパワーの優劣に応じて“ヒーロー組”と“サイドキック（脇役）組”にクラス分けされる。もちろんウィルは“サイドキック組”。クセ者ぞろいのクラスメート、ウィルをオチコボレ扱いする教師、そして、今のウィルには重すぎる両親の期待と、恋の悩み…ウィルの学園生活はトラブルの連続。だが、やがて邪悪な力が動き出し、スカイ・ハイに危機が訪れたその時、ウィルは家族と友人たちを救うために立ち上がる。果たしてウィルは、未知なるスーパーパワーを目覚めさせ、真のスーパーヒーローとしてスカイ・ハイを守ることが出来るのだろうか！？