太平洋上に建造された、海洋医学研究施設(アクアティカ)。そこでは、凶暴なマコシャーク(青鮫)の脳組織から新薬を製造する研究を行っていたのだが、研究を急いだスーザン博士が鮫のDNAを操作したために、サメは巨大化し、高度な知識を持つ新種と化してしまったのだ！やがて、人類と同様の知能を備えた巨大ザメは殺戮ゲームを開始。折しも海上は激しい嵐に見舞われ、海の孤島となった研究所では人類とサメとの死闘が始まる！！