大統領直属エージェント、レオン・Ｓ・ケネディは、スラブ共和国でＢ.Ｏ.W.が実践投入されたという噂の真相を突き止める任務をおびて単身、内乱が過激化する東欧の小国へ潜入するが、米国事情でいきなり撤退命令が下る。しかしレオンはB.O.W.のために繰り返される悲劇を止めるために突き止めるべき真相はここにある、として命令に背いてこの国にとどまることを決意、B.O.W.を阻止するため一人戦闘の只中へと分け入っていく。