16世紀の日本。ハイランダーを倒し世界最強の支配者になることをもくろむ魔術師ケインは、マクラウドとの対決で、霊山の洞窟に閉じ込められてしまう。400年の時が流れた1994年のニューヨーク。ハイランダーは古美術商ラッセル・ナッシュと名乗り平穏な生活を送っていた。しかし日本の大企業が伝説の霊山付近に工場を建てたことでケインが蘇り、再びハイランダーと魔術師の壮絶な戦いが始まってしまう。