“KAIJU”群と巨大兵器“イェーガー”の戦争から10年、世界は混沌としながらも、平和を取り戻そうとしていた。ある日、PPDC (環太平洋防衛軍) の会議が開催されようとしているところに、正体不明の“イェーガー”が襲撃をかける。それが新たなる戦争の始まりだった…。