法で裁けぬ凶悪犯にたった一人で制裁を加える孤高のヒーロー"パニッシャー"ことフランク・キャッスル。彼の新たなターゲットは、ある巨悪な犯罪組織の中で最も邪悪と言われるビリー・ルソッティ。居場所を突き止めたフランクは、その犯罪組織のパーティ会場とアジトに奇襲を賭けビリーに死刑を執行する。しかし、その時誤ってＦＢＩ囮捜査官を殺してしまう。善と悪の狭間で葛藤し苦悩するフランク。一方、ガラス粉砕機で顔面をズタズタにされ、見るも無残な姿にされたビリーは"ジグゾウ"と新に名を変え、N.Y.の武装マフィアを掻き集め、あらゆる手を使い宿敵"パニッシャー"に怒涛の復讐を仕掛けてくる！！