"パニッシャー" ことフランク・キャッスルは自分の家族を惨殺した者たちに復讐を果たしたと思っていた。しかし彼は自身が海兵隊員だった頃に起きたある事件の裏に潜む巨大な陰謀に気づく。捜査官や元親友のビリー・ルッソや元NSAの分析官マイクロと協力しながら、フランクは真相を暴こうと奮闘する。
エピソード1
午前3時
自分の家族を殺害した者たちを皆殺しにした後、フランク・キャッスルはニューヨークの建設現場で偽名を使いながら目立たぬように働いていた。しかし同じ現場で働いている青年が強盗に加担させられ窮地に陥ったため、フランクは彼を救おうと立ち上がる。
エピソード2
死んだはずの男が2人
“マイクロ”と名乗る人物からフランクに謎の電話がかかってくる。フランクはカレン・ペイジの協力を得て、実はマイクロが死んだと思われていた元NSAの分析官であることを突き止める。街中を奔走した後、フランクはマイクロと対峙し、彼の望みを聞き出す。一方、国土安全保障省の捜査官ダイナ・マダニは、フランクの海兵隊時代の友人ビリー・ルッソに近づき、彼がアフガニスタンでのヘロイン密輸事件に関与していたかどうかを探る。
エピソード3
カンダハール
マイクロを尋問する中で、フランクはマイクロが自分たち2人の人生を台無しにした者を倒したがっていることを知る。フランクはかつての軍の秘密作戦を思い出す。“エージェント・オレンジ”が、国土安全保障省の捜査官アーマッド・ズバイルの処刑を命じたのだ。その殺人の映像を見つけたことで隠蔽工作に巻き込まれたマイクロは、今やフランクと共に事件の背後にいる男の正体を突き止めなければならない。
エピソード4
武器の調達
新たな人生を求めてアンヴィル社を頼る退役軍人ルイス。カーティスは自分の支援グループに通うこの男と心を通わせようとする。マイクロのハッキング技術により、フランクは国土安全保障省が密輸中の武器を押収しようとしていることを知る。最初は乗り気でなかったマイクロもフランクに協力してその荷を手に入れようとする。
エピソード5
グンナー
フランクはケンタッキーに隠れ住んでいる海兵隊時代の仲間グンナー・ヘンダーソンを見つけ、エージェント・オレンジの正体がCIAの秘密作戦の指揮官ウィリアム・ローリンズであることを突き止める。フランクとグンナーはローリンズの命令で行動していたチームから奇襲を受け、重傷を負ってしまう。さらに悪いことに、兵士の制服に付いていたカメラによって、フランクがまだ生きていることがローリンズに知られてしまう。
エピソード6
黒いヤギ
ケンタッキーで奇襲を受け、重傷を負ったフランク。マイクロはフランクの信頼する友人カーティスに助けを求める。フランクの元海兵隊仲間ビリー・ルッソと関係を持ったマダニ捜査官は、フランクが生きていることをルッソに話してしまう。ルッソはフランクを捜し出し、かつての友人を助けようと決意する。
エボン・モス=バクラック
ポール・シュルツ
ダニエル・ウェバー
ベン・バーンズ
ジョン・バーンサル
Michael Nathanson
ジョルジア・ウィガム
アンバー・ローズ・レヴァ
カリ・スコグランド
ケヴィン・フックス
アントニオ・カンポス