ハリー･ポッターの夏休みは、決して楽しいものではなかった。横暴な叔母ペチュニアと叔父バーノンは、ハリーの持つ不思議な力に恐れをなし、ますます容赦ない仕打ちをしてくる。さらには、親友だったはずのロンとハーマイオニーに何度手紙を書いても何の返事がなかった。そんなある日、ハリーの寝室に屋敷しもべ妖精のドビーが現れ、こう警告する－－ハリー･ポッターはホグワーツに戻ってはなりません。そして、ホグワーツのどこかにあるとされてきた｢秘密の部屋｣が開かれた･･･という血文字が学校の壁に現れる。次々と起こる謎にハリーに疑いの目が向けられる中、ハリー、ロン、ハーマイオニーの3人は再び忍び寄る魔の手と対決することを決意する･･･！