人口の75%がオンライン上の仮想世界で暮らす2047年、ネオ・パリ。仮想世界と現実世界を行き来する“ハイブリッド”のナッシュは、仮想世界のシステムを脅かすテロリストを追跡、暗殺する私立探偵として現実世界の多国籍企業シンターニス社に雇われていた。ある日、シンターニスのシステムに何者かがウイルスを放ち、148人もの“コネクト”が殺される事件が発生。その事件の捜査依頼によってナッシュはスラム街から華やかな高級街、さらには複数の仮想世界へと導かれ、ついにテロ組織への潜入に成功する。しかし、気が付くといつしか多国籍企業、テロ集団、インターポールが繰り広げる危険なゲームの真っただ中に立たされていた・・・。過去と未来、バーチャルとリアルの間で板挟みになったナッシュは、彼の人生、ひいては彼が暮らす社会そのものにも大きな影響を及ぼすある決断を強いられる。