幼い息子を非常なテロリスト、キャスター・トロイ（ニコラス・ケイジ）に殺されたFBI捜査官ショーン・アーチャー（ジョン・トラボルタ）。激しい銃撃戦の末、ついにトロイを捕えるが、頭を強く打ちトロイは昏睡状態に…。しかし、ロサンゼルスを壊滅させる時限式の細菌兵器爆弾を仕掛けていたことが判明。植物人間となったトロイ以外に爆弾の場所を知るのは、獄中の弟ポラックスだけだが、彼はトロイ以外の人間に心を開かない。FBI秘密捜査班はアーチャーを呼び出し、昏睡状態のトロイの顔を剥ぎ、最新技術でアーチャーに移植し、トロイになりすましたアーチャーがポラックスから爆弾の在りかを聞き出すという極秘任務を言い渡す。必死で狂気の男トロイを演じ、ポラックスの信用を得たアーチャーは爆弾の場所をつきとめる。一方、昏睡状態から醒め、全てを知ったトロイは保存されていたアーチャーの顔を移植し、アーチャーの極秘任務に関係する人間全てを抹殺。アーチャーの顔を最大限に利用して、自分でしかけた時限爆弾を解除して大手柄とし、FBI内での地位を手に入れ、アーチャーの仕事、家族、人生を奪う。刑務所内ではアーチャーが反乱を起こし脱獄を試みるが…。