幻のポケモン・フーパと仲良くなったサトシとピカチュウは一緒に旅をすることに。一方、デセルシティではかつて街を破壊したポケモンが封印されているという「いましめのツボ」に異変が起きていた。壺から漂う邪悪な気配はやがて大きな影になり…。