FBIのベテランおとり捜査官アート・ジェフリーズ（ブルース・ウィリス）は、銀行強盗事件に潜入捜査中、作戦隊長と対立したことから一戦を外され、地味な仕事に回されてしまう。だが、ある日、そんな彼にFBIから指示が下される。両親を暗殺された9歳の子供、サイモン（ミコ・ヒューズ）の行方を追えというものだった。自閉症児で、パズルを解く才能に優れていたサイモンは、国家安全保障局・NSAが20億ドルをかけて開発したシステム”マーキュリー”の暗号を一目で解いてしまったため、NSAのクロード中佐（アレック・ボールドウィン）から命を狙われていたのだ。サイモンを見つけたアートは、二人で逃亡を続けるが、クドローの執拗な追跡が迫っていた・・・。