タートルズのもとに、美人TVキャスターのエイプリルが奇妙な笏を持って現れる。その笏には不思議な力があり、エイプリルは1603年の戦国時代の日本へタイム・スリップ。大名・憲長に魔女と疑われ牢に入れられる。一方、憲長の息子・謙信は現代ニューヨークへタイム・スリップしていた。タートルズはエイプリルを救出するため、戦国時代へ向かうが、悪徳大名や海賊など強敵が立ちはだかる。果たして無事救出し、現代に戻れるのか。