エージェント“J”と“K”のコンビは今日も奇想天外なエイリアンたちを監視し、その暴走を取り締まるべく奔走していた。ある日、Jは単独で事件を追うKを不審に思い、その真相を問い詰めるも全く取り合ってもらえない。翌日、不信感を募らせたJはKを探すが、どこを探してもKの姿が無い。さらにMIBの上司からは、「Kは40年前に亡くなった」という理解不能な発言が飛び出す。混乱するJ。何者かが過去を書き換えたのか？そして、時を同じくしてエイリアンの侵略が一斉に始まり、地球は未曽有の危機に陥る―。一体、Kの身に何が起こったのか？そして、黒幕はいったい誰なのか？すべての謎を解き明かし、地球の危機を救うため、Jは40年前の世界にタイムスリップを試みる―。果たして、Jは未来を救うカギを見つけることが出来るのか？そして、過去の世界で明かされる、JとKの関係にまつわる衝撃の真実とは！？