海を司るトリトン王の娘、人魚だったアリエルは、陸の王子エリックと恋を実らせ、人間として幸せに暮らしています。二人に娘のメロディが誕生したお祝いに、トリトン王が手渡したのは孫娘の名前が刻まれたロケット。その時、海から現れたのは昔滅んだ魔女アースラの妹、モルガナでした。モルガナから娘を守るため、アリエルはメロディを海へ近づけまいとします。そして、ロケットも海底へ。12年後、成長したメロディは行ってはいけないはずの海が大好き。お目付役のカニのセバスチャンの心配をよそに海でこっそり遊ぶうちに、メロディが見つけたのは自分の名前が刻まれた、あのロケットでした。その秘密を探ろうと、メロディは船でひとり海へ漕ぎ出します。しかし・・・。