ある日突然、猛烈な放電と竜巻をまき散らし、接触したあらゆる物体を粉砕・ガス化してしまう巨大な赤い大竜巻が各地で発生。アメリカではニューヨーク、ボストン、ワシントンDCにかけて街が消滅。そんな時、とある田舎町では救助活動に奔走する高校教師ジェイソンが、道中に救出した素粒子物理学者キャロリンから驚くべき事実を知らされていた。それは、この嵐の猛威を止めるためには、ジェイソンの息子ウィルが偶然にも発見した、素粒子分解装置がカギを握るということだった。