北極にあるネルフの基地・ベタニアベースで、永久凍土から発掘された第3使徒が活動を始める。パイロットのマリはEVA仮設5号機で出撃し、相打ちでこれを倒す。そして日本にはパイロットのアスカと本格的な実戦用のEVA2号機が到着し、第7使徒を一瞬で撃滅した。碇ゲンドウ最高司令官と冬月コウゾウ副司令は月面へ出向き、ゼーレのタブハベースで調整中のEVA Mark．06を視察する。時同じくして第8使徒が衛星軌道上から飛来し、落下するエネルギーでネルフ本部を壊滅させる襲撃をかけてきた。3機のEVAが連携する大型作戦でこれを迎え撃ち、これまで孤立気味だったアスカも仲間の存在に目ざめ始めた。 ところが試験中だったEVA4号機が北米ネルフ第2支部ごと蒸発。日本では、持ちこまれたEVA3号機の起動実験に搭乗志願したアスカだったが、EVA3号機は第9使徒に乗っ取られてしまう。迎撃に出たシンジは、その中に乗るのがアスカと知り戦慄する。ゲンドウは初号機の制御をダミーシステムに切り換え、第9使徒との戦闘を始めた・・・・・・。