マクロスプラス

AD2040年。人類初の移民惑星エデン。卓越したパイロット、イサム・ダイソンが試作・可変戦闘機「YF-19」のテストパイロットとしてニューエドワーズ、テストフライトセンターに配属された。そこに「YF-21」のテストパイロット、ガルド・ゴア・ボーマンがいた。旧友であり、ライバルでもある2人は試作機の正式採用を巡り競い合う。そして、コンサート開催のため、バーチャルシンガー＝シャロン・アップルのプロデューサーとして、2人の旧友ミュン・ファン・ローンがエデンにやってきた。イサム、ガルド、ミュンの3人は運命的な再会を果たす…。

新型可変戦闘機の競争テストと、話題のバーチャルシンガー＝シャロン・アップルのコンサート。一見するとまったく関係がないように思えた2つのイベントが、移民惑星エデンにおいて催されたことから、3人の若者の人生は大きな変転を遂げることになった。…テストパイロットとして託された機体を駆り、鬱積したものをぶつけ合うイサムとガルド。そして、2人に愛情と哀しみの眼差しを向けるミュン。今、そんな彼らの中に、シャロンが大きな波紋を呼び起こしていく…。

ガルドの巧妙な策略にはまり、負傷したイサムがメディカル・プールの中で意識を取り戻した時目にしたのは、急報を受け駆けつけたミュンの心配げな姿であった…。2人から逃れるように地球へと旅立つミュン。やりきれない思いに苛立ちを募らせるイサムとガルド。地球マクロス政府では圧倒的な機動性を備えた無人戦闘機「ゴーストX-9」が開発を終えようとしていた。

「YF-19」を奪取して、無人戦闘機「ゴーストX-9」に一泡吹かせるべく地球へ向けてフォールドするイサムと、「YF-21」を駆って追撃を開始するガルド。彼らは互いに罵り合いながら壮絶な空中戦を展開するが、しかしそんな2人の前に、歪んだ自我を獲得したシャロンが遣わした「ゴーストX-9」、そしてマクロスが立ち塞がる!! 果たして過去にイサムとガルド、ミュンの間にどのような事実があったのか？ そしてシャロンが目指すものとは？ ファイナルステージが今、始まる！