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TVアニメ「超時空要塞マクロス」をもとに全編新作で作成された劇場版。ストーリー構成やキャラ＆メカ設定などが刷新され、よりリアルでハードに描かれている。広大な宇宙で巨大異星人による二大勢力が戦いを繰り広げていた。一方は男だけの勢力ゼントラーディ軍、もう一方は女だけの勢力メルトランディ軍。そしてこの戦いは地球をも巻き込んでいった。突然の攻撃に宇宙戦艦マクロスが抗戦したが、トラブルから太陽系外縁に飛び出し地球帰還の術を失ってしまう。マクロス内には都市が形成され、市民は地球への想いを馳せ、生きていた。そんな彼らの心を癒すのは歌手リン・ミンメイの歌声だった。思いがけずスターとなったミンメイが唯一心の支えとしたのは、統合軍バルキリー隊のパイロット一条輝である。輝にとってもミンメイは心休まる存在であった。が一方で輝は上官である早瀬未沙と同じ戦場に生きる中で、愛の芽生えるのを感じ始めていた。ミンメイと未沙との愛の狭間で、輝の心は揺れ動く。熾烈をきわめる戦況の中、マクロスは人類の存亡を賭け、ミンメイの歌を唯一の武器に最後の戦いに挑んでいく。