TVシリーズを新たに再構築した劇場版二部作の完結編。西暦2059年。人類が地球に代わる新天地を求めて、都市宇宙船で銀河を航海する、そんな時代。変わらないはずの日常は、今大きなうねりとなって流れ出す。銀河移民船団「マクロス・フロンティア」に住む少年、早乙女アルトは役者の家から逃げ出してパイロットを目指していた。運命に導かれ出逢った歌姫シェリル・ノームとスターへの階段を駆け上がる少女ランカ・リー。だが2人の少女の歌声には、船団をおびやかす重機甲生命体「バジュラ」にまつわる謎が秘められていた。そしてバジュラの秘密を狙う者たちの野心が、フロンティア船団に襲いかかる。