2003年11月24日、レインボーブリッジを封鎖して解決した「台場連続殺人事件」。その事件直後、真下正義警視(ユースケ・サンタマリア)は、湾岸署の前で、報道陣に取り囲まれ、警視庁初の交渉人(ネゴシエイター)として、事件解決の経過を説明していた…。あれから1年…。2004年12月24日、雪乃(水野美紀)とクリスマス・イブのデートの約束をしていた真下は、その日の午後、突然、室井管理官(柳葉敏郎)から呼び出しを受ける。警視庁史上最悪の緊急事態が発生。東京の地下鉄の最新鋭実験車両(通称:クモ)1両が何者かに乗っ取られたのだ。網のように張り巡らされた大都市・東京の地下鉄の盲点を突く犯行。乗降客200万人の命が、爆走するたった1両の車両によって危険にさらされる。犯人の狙いは、身代金?それとも…？理由なき犯罪に錯綜する捜査―。犯人は、交渉の窓口として、真下を指名。迷走する地下鉄全車両にも、時間的限界が迫りくる。そして、大切な雪乃との約束の時間も刻一刻と迫っていた…。真下は、事件を解決して、雪乃のもとへ会いにゆくことができるのか!?そして、真下と雪乃の2人の恋の行方は!?乗降客200万人の命が真下の肩に託された。かくして映画史上初となる首都・東京の地下鉄網を舞台にした息を呑む、交渉人・真下と姿なき犯人の知能戦の火蓋がきって落とされる！