人気TVアニメの劇場版。宇宙より飛来した謎の生命体イマージュと人類の戦いは、既に半世紀に及ぼうとしていた。西暦2054年、ホランド・ノヴァクの指揮下、イマージュと戦う第303独立愚連隊の戦闘母艦、月光号に一人の少年兵がいた。少年の名はレントン。レントンはニルヴァーシュに搭乗し戦場に赴く。レントンの夢は一つ。8年前に連れ去られた幼なじみの少女エウレカをいつの日か助け出し、故郷へと帰ること。だが運命は、レントンとエウレカの小さな恋を試すように試練を与える。使命と感情、真実と嘘、過去と未来、生と死、現実と夢、そしてホランド。二人の前に世界の全てが立ちはだかる。イマージュとの最終決戦が迫る中、二人は神話の扉を開く！