人間によるアマゾン殱滅作戦は佳境を迎えていた。この世に生存が確認されているアマゾンは残り2体、「水澤悠／仮面ライダーアマゾンオメガ」と「鷹山仁／仮面ライダーアマゾンアルファ」。この2体を狩れば、すべてが終わる、はずだった。「アマゾン畜産計画」と謎の養護施設、水澤悠を追うアマゾン駆除組織4C、共生と競生、肉食と草食――。激しい運命に翻弄された悠と仁に決着の時が迫る…。