隕石によって時空が歪み、40年後から未来のコアメダルを持つ「仮面ライダーポセイドン」が出現し、オーズとバースを襲う。一方、風都で「財団X」と遭遇した左翔太郎は彼らの陰謀を探り始める。そして天ノ川学園高校に現れた謎の少女と出会う如月弦太朗…。世界征服を企む謎の敵と、フォーゼ、オーズを始めとする仮面ライダー軍団との壮大な激闘が繰り広げられる!