ある日、ガオガオさんが発明したモグール号に乗り込んだしまじろうたち。突然動きだしたモグール号が行き着いた先は、なんと砂漠でした。途方に暮れていると、そこに現れたのは一人の元気な女の子「ココ」。ココは砂嵐ではぐれてしまったお母さんをずっと探しているというのです。しまじろうたちは、ココと一緒にお母さんを探す旅に出ることにします。途中、砂漠には危険がいっぱい。はたして、しまじろうたちは困難を乗り越え、ココのお母さんを見つけ出すことができるのでしょうか。