サトシたちは旅の途中、「水中ポケモンショー」で有名なマリーナ一座のヒロミと出会う。'水の民'の子孫であるヒロミから「海の神殿・アクーシャに海の王冠と呼ばれる秘宝が隠されている」という伝説を聞くサトシたち。そんな中、海賊のボス・ファントムが突然すさまじい勢いで襲いかかってきた。世界征服の野望を抱くファントムは、秘宝「海の王冠」を奪うため、ヒロミたちが保護していた「蒼海の王子」と呼ばれるポケモンのタマゴを狙っていたのだ。激しい争いの中、突然強烈な光を放つタマゴの中から、ついに幻のポケモン・マナフィが誕生する…。