移動遊園地でマジシャンのバトラーと出会ったサトシたち。バトラーのマジックショーで、千年に一度目を覚まして願いを叶えてくれるという幻のポケモン"ジラーチ"の声をマサトが聞く。そしてついにジラーチが"眠り繭"から目覚めた！しかし、バトラーは自らの野望のためにジラーチを利用しようとたくらんでいた...。