徳川家光の治下。島原のキリシタン百姓は、幕府の信仰弾圧と思い年貢に苦しんでいた。キリシタンに深く帰依し、武士を捨てた四郎は、決起する日をじっと待っていた。その間にもキリシタンは残虐な刑に処せられ続け、百姓たちは四郎に非難の目を向ける。