キャプテンハーロック率いる海賊船アルカディア号が宇宙空間を漂っている。ハーロックが行き先を指示しないのだ。一方、地球の防波堤の上では、ハーロックの親友の孤児・まゆがオカリナを吹いていた。突如、アルカディア号は自然に動き出し、自力で地球へと向かい始める。アルカディア号がまゆの頭上で止まると、ハーロックはまゆを抱き上げて艦内へ入った。やがて海の墓場と呼ばれるサルザック海から侵略者マゾーンに送られる信号が確認される。マゾーンと戦い続けるハーロックは、早速サルザック海へと向かうが、「武蔵」や「高雄」など大昔の戦艦