ソドー島を飛び出しメインランドへ向かう旅の途中で、これまで見たことのない実験用機関車のレキシー、セオ、マーリンと友だちになったトーマスはとある製鉄所にたどり着くが、そこで働くフランキーとハリケーンに邪魔をされ帰れなくなってしまう。そのころソドー島では、なかなか戻ってこないトーマスを心配したジェームスがメインランドへ旅立つことに。しかし、今度はジェームスがフランキーたちに捕まってしまう。